Специальному агенту Дане Скалли, доктору и преподавателю академии ФБР в Вирджинии, поручают работу в паре с агентом Фоксом Малдером над проектом «Секретные материалы», архивом таинственных, нерешенных дел ФБР, которые зачастую связаны с паранормальными явлениями, случаями вампиризма и оборотничества, нападением генетических мутантов, свидетельствами о похищении людей пришельцами… Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё и не всегда поддаётся разумному объяснению. В своих дискуссиях Малдер и Скалли не столько стараются убедить друг друга, сколько получают удовольствие от самого общения.
Постепенно первоначальное взаимное недоверие перерастает в дружбу, а чуть позже и в более глубокое чувство.
— Вас привлекают сильные мужчины. Но вы боитесь их силы. Вы умрёте за Малдера, но не позволите ему любить вас.
— Вау! Мне открылась другая ваша сторона. Вы не только хладнокровный убийца, но ещё и психолог.