В ходе спора с Марром и его последователями Поливанов предъявлял научные аргументы, на которые получал в ответ только перевирание слов и обвинение в буржуазном влиянии. Позже он писал:
«Впрочем, поскольку я уже упомянул о моей личной роли на данном отрезке истории лингвистики, за неё я во всяком случае должен принести мою благодарность обозлившимся на меня яфетидологам, ибо являются совершенно несомненными следующие два обстоятельства: 1) что в результате возникшей полемики моё скромное имя стало символом здравого смысла; 2) то, что обязан этим я именно моим оппонентам и их рецензиям („одна другой беззубее», как выразился по поводу этих рецензий один маститый московский лингвист). Поистине „не нам, не нам, а имени твоему!»
Поливанов активно не принимал ненаучные положения «нового учения о языке» Н. Я. Марра (долгое время покровительствовавшего Поливанову) и решил открыто против него выступить. В феврале 1929 г. по инициативе Поливанова в Коммунистической академии состоялась «поливановская дискуссия», на которой значительный численный перевес имели сторонники Н. Я. Марра. Они не принимали научные аргументы и обвиняли противников «нового учения» в недальновидности, политической несознательности и антикоммунистических взглядах. В заключительном слове Поливанов сказал: «Имею дело здесь с верующими — это прежде всего. Было бы смешно мне ставить своей задачей переубедить верующих».