Короткая Иисусова молитва содержит глубокий богословский смысл, и ее воспроизведение дает извещение свыше каждому верующему, ищущему милости Божией, поэтому эта молитва справедливо утверждена в качестве главнейшей частной молитвы христиан. Словом «Господи» мы исповедуем боголепное господство и величие Божества, при этом мы одновременно признаем свой долг веры и послушания нашему Господу и Богу. Словами «Иисусе Христе» мы исповедуем всю совокупность мироспасительного домостроительства Сына Божия, а в словах «помилуй нас» мы свидетельствуем совершившееся спасение человечества и исповедуем эсхатологический смысл божественных обетовании об обновлении и совершенстве всего во Христе, как учит наша Святая Церковь.