С началом войны руководство Московской патриархии заняло патриотическую позицию. Уже 22 июня 1941 г. митрополит Сергий выступил с посланием, призвав к изгнанию врагов. Осенью 1941 г. Московская патриархия эвакуировалась в Ульяновск, где находилась до августа 1943 г. Митрополит Ленинградский Алексий весь период ленинградской блокады находился в осажденном городе, регулярно совершая богослужения. По данным Совета по делам Русской православной церкви за годы войны на нужды обороны в храмах было собрано добровольных пожертвований на сумму более 300 млн. рублей.