Специальному агенту Дане Скалли, доктору и преподавателю академии ФБР в Вирджинии, поручают работу в паре с агентом Фоксом Малдером над проектом «Секретные материалы», архивом таинственных, нерешенных дел ФБР, которые зачастую связаны с паранормальными явлениями, случаями вампиризма и оборотничества, нападением генетических мутантов, свидетельствами о похищении людей пришельцами… Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё и не всегда поддаётся разумному объяснению. В своих дискуссиях Малдер и Скалли не столько стараются убедить друг друга, сколько получают удовольствие от самого общения.
Постепенно первоначальное взаимное недоверие перерастает в дружбу, а чуть позже и в более глубокое чувство.
Если ты против, потому что не веришь во все это, я ещё могу понять тебя. Но если ты против, потому что на тебя давит страх перед бюрократами, то тогда они не только вправили тебе мозги, они сделали из тебя робота.