Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте — каждый стал учеником одного из легендарных Саннин — трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ — нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.
— Если у тебя есть время преследовать меня, тратил бы лучше его на тренировки. Не так ли, Наруто? Вот почему на этот раз, по моей прихоти ты расстанешься с жизнью
— Какой из человека Хокаге, если он не может спасти даже своих друзей. Как думаешь, Саске?