Член Союза писателей СССР. Репрессирован в 1938 году, реабилитирован посмертно в 1963 году. 19 марта 1938 года Заболоцкий был арестован и затем осуждён по делу об антисоветской пропаганде. В качестве обвинительного материала в его деле фигурировали злопыхательские критические статьи и клеветническая обзорная «рецензия», тенденциозно искажавшая существо и идейную направленность его творчества. От смертной казни его спасло то, что на допросах Н. А. Заболоцкий не признал обвинения в создании контрреволюционной организации. С марта 1944 года после освобождения из лагеря жил в Караганде. Там он закончил переложение «Слова о полку Игореве» (начатое в 1937), ставшее лучшим в ряду опытов многих русских поэтов. Это помогло ему в 1946 году добиться разрешения жить в Москве. Снимал жильё в писательском посёлке Переделкино у В. П. Ильенкова. В 1946 году Заболоцкого восстановили в Союзе писателей. Начался новый московский период его творчества. Несмотря на удары судьбы, он сумел вернуться к неосуществлённым замыслам. Николай Заболоцкий был реабилитирован посмертно 24 апреля 1963 года по заявлению жены.