C 1986 по 2013 годы был главным тренером английского клуба «Манчестер Юнайтед». Является самым титулованным тренером в британском футболе. Признаётся одним из величайших тренеров в истории мирового футбола. Занимает четвёртое место в списке лучших тренеров послевоенного периода по версии газеты The Times, а также первое место в списке лучших тренеров всех времён и народов по версии World Soccer и ESPN FC.
Фергюсон был главным тренером шотландских клубов «Ист Стерлингшир» и «Сент-Миррен», после чего тренировал «Абердин», добившись с клубом больших успехов. Он короткое время возглавлял национальную сборную Шотландии — после смерти Джока Стейна — после чего был назначен главным тренером «Манчестер Юнайтед» в ноябре 1986 года.
Фергюсон бессменно возглавлял «Манчестер Юнайтед» на протяжении 26 лет, выиграв за это время рекордное количество титулов. Под руководством Фергюсона «Юнайтед» выиграл больше трофеев, чем за всю свою предыдущую столетнюю историю. 19 декабря 2010 года Фергюсон побил рекорд сэра Мэтта Басби по продолжительности пребывания в должности главного тренера клуба.