Действия аниме «Добро пожаловать в класс превосходства» разворачиваются в элитной старшей школе Кодо Икусей, попасть в которую очень трудно. Её выпускники с большей долей вероятности попадают на места в престижных образовательных учреждениях или начинают двигаться по карьерной лестнице в крупной компании. Также подростки, обучающиеся в Кодо Икусей, имеют свободу в выборе одежды, аксессуаров и иных атрибутов для самовыражения. Кажется, что это место можно назвать настоящим раем для любого подростка, но это лишь на первый взгляд. В школе есть класс D, так называемый "класс отбросов", где обучаются старшеклассники, которые не могут пользоваться привилегиями, подобно другим ученикам. Туда и попадает наш протагонист Киётака Аянокодзи, который решает вступить в борьбу со всей школой, чтобы доказать, что класс D ничем не хуже остальных!